日本甲状腺学会は甲状腺学の進歩・向上をはかることを目的とし、学術集会の開催・国際交流の促進・研究者および優れた臨床医師の育成その他を行う学術団体で、日本内分泌学会と密接な関係にあります。

1958年5月、設立されて以来、学術活動を以下のように展開してきました。

（第1～22回　甲状腺研究会、第23～38回　甲状腺分科会）

開催年月日	会　長	開催地	主題等
第1回 1958年5月9日	三宅儀 （京都大）	京都
第2回 1959年4月8日	七條小次郎 （東京大）	東京	療法に関する検討、甲状腺炎について
第3回 1960年4月7日	小田俊男 （大阪市立大）	大阪	血中尿中TSH測定法の検討、甲状腺ホルモンのペーパークロマトグラフィー法の検討
第4回 1961年4月18日	赤須文男 （金沢大）	金沢	摂取率測定法及び甲状腺シンチグラムの検討、サイロキシン類似物質の臨床応用の検討
第5回 1962年4月8日	辻昇三 （神戸大）	神戸	結節性甲状腺腫の治療針、甲状腺機能の中枢性支配、甲状腺自家免疫
第6回 1963年4月6日	吉田常雄 （大阪大）	大阪	甲状腺疾患の病理組織学、バセドウ病に対するヨード剤奏効の機序
第7回 1964年6月9日	丸田公雄 （信州大）	東京	悪性甲状腺腫の治療方針、甲状腺機能亢進症の抗甲状腺剤による治療の遠隔成績
第8回 1965年4月12日	勝木司馬之助 （九州大）	福岡	甲状腺と酵素、 トリヨードサイロニン、レジンスポンジ摂取率の検討
第9回 1966年4月10日	中尾喜久 （東京大）	東京	LATS EPSについて、甲状腺癌の予後
第10回 1967年4月6日	山田弘三 （名古屋大）	名古屋	各地各集団における甲状腺腫の発生頻度、甲状腺機能検査に及ぼすヨードの影響
第11回 1968年4月8日	吉田秀雄 （京府医大）	京都	サイロキシン結合蛋白に関して、甲状腺の電顕像、甲状腺の組織学
第12回 1969年5月18日	七條小次郎 （群馬大）	前橋	甲状腺ホルモンの生成に対するヨードの影響、血中甲状腺ホルモンの測定法
第13回 1970年3月13日	西川光夫 （大阪大）	大阪	T3生理的及び病態生理的意義、バセドウ病の治療
第14回 1971年4月2日	鎮目和夫 （虎の門病院）	東京	LATS その後の進歩、甲状腺疾患と妊娠
第15回 1972年4月12日	鎮目和夫 （虎の門病院）	東京	TRF、甲状腺に関する先天性異常
第16回 1973年4月12日	鳥塚莞爾 （京都大）	京都	ラジオイムノアッセイによるTSH の測定、甲状腺疾患と糖代謝異常
第17回 1974年4月11日	入江實 （東邦大）	東京	トリヨードサイロン、慢性甲状腺炎
第18回 1975年10月29日	越智幸男 （京府医大）	京都	バセドウ病と免疫、バセドウ病と他の内分泌疾患の合併症について
第19回 1976年6月8日	飯野史郎 （昭和大）	東京	バセドウクリーゼその病態と対策、悪性眼球突出症
第20回 1977年5月20日	野口秋人 （野口病院）	福岡	甲状腺刺激物質、バセドウ病治療の遠隔成績
第21回 1978年6月6日	伊藤國彦 （伊藤病院）	東京	Hashitoxicosis, Reverse T3
第22回 1979年6月10日	隈寛二 （隈病院）	京都	妊娠とバセドウ病、TRH試験とT3抑制試験のバセドウ病の治癒判定における意義

1980年5月、日本内分泌学会の分科会となり、日本内分泌学会甲状腺分科会として、学術活動を以下のように展開してきました。

1996年10月、日本内分泌学会甲状腺分科会から、日本甲状腺学会と改称し、以下のような学会活動を行ってきました。